PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS II
Resumen de la clase

La clase desarrolla la base termodinámica del plegamiento y muestra cómo medir experimentalmente la estabilidad de una proteína. Examina las curvas de desnaturalización, la cooperatividad, los intermediarios conformacionales y la diferencia entre predicción estructural y simulación dinámica.

1. Hipótesis termodinámica y experimento de Anfinsen
La secuencia contiene la información necesaria para alcanzar la estructura nativa de menor energía libre. El experimento de Anfinsen demuestra la recuperación espontánea de la conformación y de los puentes disulfuro correctos.

2. Estabilidad termodinámica y poblaciones conformacionales
La estabilidad corresponde a la diferencia de energía libre entre los estados nativo y desplegado. Su signo y magnitud determinan las poblaciones relativas de cada estado en el equilibrio.

3. Desnaturalización química y señales experimentales
La urea y el cloruro de guanidinio desplazan gradualmente el equilibrio hacia el estado desplegado. La transición puede seguirse mediante actividad enzimática, fluorescencia, dicroísmo circular, radio hidrodinámico o proteólisis.

4. Curvas de desplegamiento y extrapolación de la estabilidad
Las fracciones nativa y desplegada permiten calcular constantes de equilibrio y diferencias de energía libre. El punto medio corresponde a poblaciones iguales, y la extrapolación permite estimar la estabilidad en agua.

5. Cooperatividad y desplegamiento de dos estados
Las proteínas pequeñas pueden presentar transiciones de tipo todo o nada. El acoplamiento entre numerosas interacciones hace que una perturbación local se propague por la estructura.

6. Intermediarios y proteínas conformacionalmente complejas
Las proteínas multidominio pueden poblar intermediarios estables y mostrar varias transiciones de desplegamiento, reflejando regiones con estabilidades diferentes.

7. Predicción estructural y dinámica molecular
AlphaFold predice estructuras compatibles con estados de baja energía. La dinámica molecular, en cambio, permite estudiar trayectorias, fluctuaciones y cambios conformacionales a lo largo del tiempo.