PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS I
Resumen de la clase

La clase presenta a las proteínas como sistemas dinámicos que exploran distintas conformaciones gracias a la energía térmica. Relaciona las escalas del movimiento molecular con los paisajes de energía, introduce la termodinámica del plegamiento y examina la predicción computacional de estructuras.

1. Dinámica conformacional y energía térmica
Las proteínas fluctúan de manera continua y estos cambios son esenciales para su función. La temperatura refleja la energía cinética molecular disponible en el entorno.

2. Escalas del movimiento molecular
Las vibraciones de enlaces ocurren en escalas extremadamente rápidas, mientras que las rotaciones de cadenas laterales, los movimientos de dominios, el plegamiento y la agregación abarcan escalas progresivamente mayores.

3. Perfiles de energía, barreras y estados de transición
Los cambios conformacionales se representan mediante coordenadas de reacción, mínimos energéticos y barreras. La altura de estas barreras y la energía disponible determinan la frecuencia de transición entre estados.

4. El plegamiento como cambio conformacional
Una cadena recién sintetizada explora numerosos estados desplegados antes de alcanzar una estructura nativa compacta y funcional.

5. Entropía, energía libre y complejidad del plegamiento
El plegamiento reduce la libertad conformacional de la cadena, pero puede ser favorable gracias a las interacciones internas y con el solvente. El estado nativo surge del balance entre contribuciones entálpicas y entrópicas.

6. El problema secuencia–estructura y Rosetta
Predecir una estructura tridimensional a partir de la secuencia constituye un problema complejo. Rosetta combina información obtenida de estructuras conocidas con funciones de energía para buscar conformaciones compatibles.

7. Inteligencia artificial y predicción estructural
Los alineamientos de secuencias y las redes neuronales permiten extraer restricciones evolutivas y estructurales. Estos avances culminan en métodos de alta precisión como AlphaFold.